惠州港海关前身为澳头海关,于1985年总署批复设立,1993年正式更名,本部和大部分监管点均为于惠州市大亚湾经济技术开发区。同时,大亚湾地理位置独特,襟接广深、比邻港澳、岸线漫长、交通便捷、经贸发达。惠州港海关管辖区域涉及大亚湾区和惠东县两地,主要涵盖“三港一区”,“三港”为荃湾、东马、惠东港区,监管作业场所、涉危监管作业场所数量均为深圳海关关区之最。“一区”为大亚湾石化区,该石化区2019年至2022年连续四年位列“中国化工园区30强”第一名,综合实力已连续10年位居全国化工园区前列。
惠州港海关为口岸型海关,承担惠州地区各水运口岸监管、大亚湾经济开发区属地查检、以及大亚湾石化工业区监管工作。